U optužnici se navodi da je Mujkić od 8. maja do avgusta 1992. godine, kao stražar zatočeničkog centra sam ili sa drugim pripadnicima HVO-a, učestvovao u nečovječnom postupanju prema Srbima zatvorenim u Osnovnoj školi u Odžaku i u prostorijama zatočeničkog centra u Osnovnoj školi u mjestu Novi Grad.
Mujkića Tužilaštvo tereti da je učestvovao u činjenju nečovječnog postupanja, teškog premlaćivanja, mučenja, namjerenog nanošenja snažnog fizičkog i psihičkog bola i patnje, što je za posljedicu imalo smrt dvije žrtve koje su preminule od posljedica zlostavljanja i premlaćivanja, te nanesene teške fizičke i psihičke posljedice za 10 žrtava, civila srpske nacionalnosti.
Tužilaštvo BiH u saopštenju ističe da će navode optužnice dokazivati pozivanjem 24 svjedoka i vještaka, a uz optužnicu je priložen obiman dokazni materijal.
Mujkić je, prema optužnici, kao pripadnik 102. brigade HVO-a postupao suprotno odredbama međunarodnog humanitarnog prava i ženevske konvencije. Optužnica je proslijeđena na potvrđivanje Sudu BiH.