Vlada traži od člana Predsjedništva BiH iz Republike Srpske da Odluku o ratifikaciji ovog Protokola proglasi destruktivnom po vitalni interes Srpske do usaglašavanja stavova svih relevantnih institucija u BiH.
Naime, MUP Republike Srpske je, u decembru 2011. godine i oktobru 2013. godine, ukazao Ministarstvu bezbjednosti BiH , da nacrt Protokola, u predloženom obliku, predstavlja kršenje ustavnog uređenja i pogrešno prezentovanje bezbjednosnog sistema u BiH.
Član 4. Protokola navodi Direkciju za koordinaciju policijskih tijela BiH kao nadležni organ u odnosu Ugovornih strana, što nije u skladu sa zakonom.
S obzirom da službenici Direkcije nemaju ovlaštenja za obavljanje poslova, koja su predmet Protokola, očigledno je da bi se ratifikacijom istog izvršio direktan prenos nadležnosti sa entitetskih organa za sprovođenje zakona, u ovom slučaju MUP-a Srpske i MUP-a FBiH, na nivo zajedničkih organa BiH, saopšteno je iz Biroa Vlade za odnose sa javnošću.
Iz Vlade podsjećaju da je još u oktobru 2013. godine, tadašnji ministar bezbjednosti BiH Fahrudin Radončić odložio, na neodređeno vrijeme, potpisivanje ovog Protokola, kako bi se preispitao njegov sadržaj i uvrstili komentari MUP-a Republike Srpske.
Međutim, Predsjedništvo BiH je 3.11.2015. godine ovlastilo ministra bezbjednosti Dragana Mektića da potpiše ovaj Protokol u identičnom tekstu, a koji je sporan od samog početka, što ministar bezbjednosti BiH Dragan Mektić i čini i 7. decembra 2015. godine potpisuje navedeni protokol, te ga upućuje u zakonsku proceduru na ratifikaciju.
Na sjednici Predstavničkog doma, održanoj 5. aprila 2016. godine, ova tačka ponovo je uvrštena u dnevni red i Predstavnički dom je donio odluku o davanju saglasnosti za ratifikaciju Protokola. Iz svega navedenog, vidljivo je da navedeni protokol nije u skladu sa pozitivnim pravnim propisima Republike Srpske i BiH, te da predstavlja prenos nadležnosti sa nivoa Republike Srpske na nivo BiH.
Shodno svemu navedenom, Vlada Republike Srpske smatra da se Protokol može ratifikovati samo u slučaju izmjene člana 4. na način da se kao nadležni organi ugovorne strane BiH predvide entitetska ministarstva unutrašnjih poslova, navodi se u saopštenju. Vlada Srpske smatra da je navedeni protokol potrebno povući iz dalje zakonske procedure i vratiti na usaglašavanje. Vlada Republike Srpske upoznala se sa Informacijom o izradi Strategije za ljudska prava i osnovne slobode BiH. Vlada ne prihvata donošenje bilo kakvih planskih ili strateških dokumenata, bez prethodnog usaglašavanja stavova sa predstavnicima Vlade Republike Srpske, pa tako ni donošenje Strategije za ljudska prava na nivou zajedničkih institucija.
Vlada Republike Srpske smatra neprihvatljivim da institucije na nivou BiH traže od Kabineta predsjednice Vlade i ministarstava u Vladi Republike Srpske, dostavljanje informacija, komentara i prijedloga u suviše kratkim rokovima, jer se koordinacija i objedinjavanje stavova institucija Republike Srpske vrši putem Ministarstva za ekonomske odnose i regionalnu saradnju. Vlada Srpske je zadužila Ministarstvo za ekonomske odnose i regionalnu saradnju da o ovom zaključku upozna Kabinet predsjedavajućeg Savjeta ministara BiH, ministre iz Republike Srpske u Savjetu ministara i Ministarstvo za ljudska prava i izbjeglice.