Spašavajući smrtno ranjenu Trinity (C.-A. Moss) i boreći se protiv agenta Smitha (H. Weaving), okretni Neo (K. Reeves), Odabrani kojem je proročica Oracle (G. Foster) predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu.
Dok on na virtualnoj stanici podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra (B. White), otac djevojčice Sati (T. Atwal), i zagonetni Skretničar (B. Spence), Morpheus, Trinity i Dječak (C. Watson) suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji.
O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee (N. Gaye), supruga Neova suborca Linka (H. Perrineau Jr.). Istodobno, izdajnik Bane (I. Bliss) ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice.