Pronađeno je devet cijelih leševa i četiri dijela ljudskog tijela. Teže i lakše ranjeno je najmanje 16 putnika, a mnogi se vode kao nestali.
Napad se dogodio oko 11.40 časova, a voz su pogodila dva projektila, pri čemu je prvi odvojio lokomotivu i prvi vagon od ostatka kompozicije, dok je drugi projektil, ispaljen nešto kasnije, uništio treći vagon, a četvrti, usljed visoke temperature, ostao zalijepljen za šine.
Ubistvo civila izazvalo je kontroverzne reakcije u svijetu, a tadašnji glavnokomandujući NATO Vesli Klark je, pravdajući napad, tvrdio da se voz kretao previše brzo, tako da je projektil, koji je trebalo da uništi most, ali ne i voz, nije mogao da se otkaže.
Klark je tvrdio da je prva raketa ispaljena sa velike udaljenosti od cilja zbog čega pilot nije bio u mogućnosti da vizuelno prepozna voz.
On je drugi pogodak opisao kao neoprezan incident, te istakao da je pilot, shvatajući da je voz pogođen ali vjerujući da može još da završi misiju, jer je navodno voz bio sišao sa mosta, ispalio u prolazu i drugu raketu.
Tvrdeći da je pilot imao manje od sekunde da reaguje, NATO je prikazao video-snimak načinjen kamerom na avionu.
Međutim, njemački dnevnik “Frankfurter rundšau” izvršio je vještačenje snimka i u januaru 2000. godine objavio članak u kojem je dokazao da je video-snimak, koji je NATO prikazao na konferenciji za novinare, bio ubrzan, stvarajući tako pogrešan utisak brzine voza.
NJemački list dokazao je da je video-snimak koji je NATO predstavio javnosti, bio ubrzan 4,7 puta, kako bi pružio dokaz za svoju tvrdnju da je prilikom bombardovanja došlo do “neizbježne nesreće” i da je pilot, koji je ispalio prvo jedan, pa onda drugi projektil, imao manje od jedne sekunde na raspolaganju da reaguje.
Istraživanje lista, pokazalo je da je pilot imao 40 sekundi, odnosno dovoljno vremena da reaguje, da je putnički voz mogao biti uočen, a novi napad izbjegnut.
Tačan broj poginulih u međunarodnom vozu, koji je iz Beograda saobraćao za Solun, nikada nije utvrđen, ali svi poginuli bili su civili, a među njima bilo je i djece.
Dvojica mašinovođa Boban Kostić i Goran Mikić ispričali su da je voz iz niške stanice 12. aprila 1999. godine krenuo sa 15 minuta zakašnjenja, a niko, u to ratno vrijeme, nije provjeravao koliko je putnika u vagonima.
Kasno popodne tog dana iz leskovačke bolnice je javljeno da je primljeno 16 teže i lakše ranjenih putnika. Među poginulima su bili i tek vjenčani Ana Bjeletić i Ivan Marković, istraživači u oblasti hemije.
Avioni NATO ispalili su u tom incidentu ukupno četiri rakete, od kojih su dvije pale na susjedni drumski most. Iako je cilj napada na željeznički most bio da se on sruši, to se nije dogodilo. Samo su stradali ljudi.
SR Jugoslovija je napad opisala kao zločin, a humanitarne organizacije, među kojima i “Amnesti internešenel”, kritikovale su panad i smatrale da je trebalo da se zaustavi kada je voz bio pogođen, i da je druga bomba prekršila princip proporcionalnosti, ali za ovaj zločin niko nikada nije kažnjen.