Zoran Đinđić ubijen je 12. marta 2003. godine oko 12.25. Vlada Srbije, nekoliko sati nakon ubistva, proglašava vanredno stanje. Kao izvršioci odmah su osumnjičeni pripadnici zemunskog kriminalnog klana.
To je potvrđivala i činjenica da je planirano da se tog dana, kako je Vlada kasnije saopštila, potpiše nalog za hapšenje jednog broja pripadnika te kriminalne grupe.
Za vrijeme vanrednog stanja, koje je trajalo do 22. aprila, u policijskoj akciji “Sablja”, uhapšeno je 11.665 osoba, među kojima je bilo partijskih funkcionera, visokih vojnih oficira, nosilaca pravosudnih funkcija i estradnih zvijezda, a neki od njih su proveli određeno vrijeme u pritvoru.
Osumnjičeni kao glavni u organizovanju ubistva premijera bili su nekadašnji komandant raspuštene Јedinice za specijalne operacije (ЈSO) Milorad Ulemek Legija, i pripadnici zemunskog klana Dušan Spasojević Šiptar i Mile Luković Kum.
Kum i Šiptar su ubijeni 27. marta u pokušaju policije da ih uhapsi. U policijskoj akciji “Sablja” uhapšen je neposredni izvršilac ubistva Zvezdan Јovanović, kao i nekoliko članova raspuštene ЈSO, ali i brojni pripadnici zemunskog klana. Ova hapšenja su, takođe, pomogla u razjašnjavanju brojnih ubistava koja su se desila ranije.
U avgustu 2003. podignuta je optužnica protiv 44 osobe za učešće u organizovanju ubistva, a suđenje je počelo 22. decembra 2003. u Okružnom sudu u Beogradu. Oni su 23. maja 2007. godine proglašeni krivim i osuđeni na ukupno 378 godina zatvora.
U obrazloženju presude između ostalog je navedeno i da je ubistvo Zorana Đinđića političko ubistvo upereno protiv države, u kome je učestvovao kriminalizovani dio ЈSO i banda Dušana Spasojevića. Politička pozadina ubistva Zorana Đinđića još nije otkrivena.
Milorad Ulemek Legija skrivao se 14 mjeseci, ali se predao 2. maja 2004. godine. On je osuđen na 40 godina zatvora, koliko je dobio i izvršilac atentata Zvezdan Јovanović. Vrhovni sud je potvrdio ove presude u decembru 2008.