Šešelj je optužen za zločine nad Hrvatima i Muslimanima u Hrvatskoj, Vojvodini i BiH, 1991-93. U tri tačke, optužnica Šešelja (61) tereti za zločine protiv čovječnosti – progon nesrba na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi; deportaciju i prisilno premještanje. U šest tačaka, vođa radikala optužen je za kršenje zakona i običaja rata – ubistva, mučenje, okrutno postupanje, bezobzirno razaranje sela ili pustošenje koje nije opravdano vojnom nuždom, uništavanje verskih objekata i pljačkanje javne ili privatne imovine. Ti zločini, po optužnici, bili su počinjeni u Zvorniku, Vukovaru, Mostaru, Nevesinju, Brčkom, Bosanskom Šamcu, širem području Sarajeva i vojvođanskom selu Hrtkovci. Među zločinima za koje je Šešelj optužen su strijeljanje oko 200 hrvatskih zarobljenika na farmi Ovčara kod Vukovara, u novembru 1991; ubistvo oko 700 Muslimana u Zvorniku u proleće i ljeto 1992, kao i proterivanje oko 800 mještana vojvođanskog sela Hrtkovci u maju 1992. Prema optužnici, Šešelj je progon Hrvata u Vukovaru i Hrtkovcima počinio “govorom i propagandom mržnje”, dok je ostala zlodjela u Zvorniku, Vukovaru, Mostaru, Nevesinju, Bosanskom Šamcu, Brčkom i širem području Sarajeva “podstakao, pomogao i podržao” tako što je dobrovoljce SRS, kao fizičke počinioce, regrutovao, indoktrinirao mržnjom prema nesrbima, organizovao i poslao na ratišta. Zločini “šešeljevaca” nad Hrvatima i Muslimanima bili su, po optužnici, počinjeni u okviru udruženog zločinačkog poduhvata čiji je cilj bilo stvaranje jedinstvene srpske države na velikim delovima teritorija Hrvatske i BiH, odnosno Velike Srbije. U tom zločinačkom poduhvatu, Šešelj je, po optužnici, učestvovao sa tadašnjim predsednikom Srbije Slobodanom Miloševićem i brojnim srpskim političkim, vojnim i policijskim zvaničnicima. U završnim rečima, u proleće 2012, tužioci su tvrdili da su dokazali Šešeljevu krivicu po svim tačkama optužnice i zatražili da mu sudije izreknu kaznu od 28 godina zatvora. Šešelj, koji se branio sam, tvrdio je da je pobio sve tačke optužnice i zatražio je da bude oslobođen. On je rekao i da je Tribunal prekršio njegovo pravo na suđenje u razumnom roku, držeći ga u pritvoru duže od 11 godina. Suđenje Šešelju počelo je u novembru 2007, posle jednog neuspješnog pokušaja i štrajka glađu optuženog. U sudskom pritvoru u Sheveningenu, Šešelj je bio od 24. februara 2003, kada se dobrovoljno predao odmah pošto je Tribunal obejlodanio optužnicu protiv njega, do 12. novembra 2014., kada je pušten na privremenu slobodu u Srbiju.